ביוכימיה/מאגר בגרויות בביוכימיה/פתרון בגרות ביוכימיה 2004

מתוך ויקיספר, אוסף הספרים והמדריכים החופשי
קפיצה לניווט קפיצה לחיפוש


פרק זה לוקה בחסר. אתם מוזמנים לתרום לוויקיספר ולהשלים אותו. ראו פירוט בדף השיחה.



שאלה 3[עריכה]

שאלה א' : קביעת רצף[עריכה]

סעיף a[עריכה]

סוג חומצות האמיניות וכמותן בפפטיד :

החומצה האמינית Gly Arg Lys Phe Met Trp Thr Ala Val
הכמות בפפטיד 1 1 2 1 1 1 1 2 2

b[עריכה]

טיפול במגיב סנגר התקבל : DNP–Thr. כלומר, Thr, היא החומצה האמינית הראשונה בחלבון.

c[עריכה]

טריפסין - חותך קרבו' (אחרי) של Lys,Arg[עריכה]

על פי הנתונים קיבלנו שלוש מבחנות ובהם חומצות אמינו שונות

נתונים שהתקבלו :

  1. ממבחנה 1 : Thr - X - X - X - Lys
  2. ממבחנה 2 : -Lys-. לפניה יש חומצה אמינית arg/lys שבעקבות האנזים נחתך הקשר. אחריה יכולה להיות כל חומצה אמינית אפשרית. כלומר, יש 2 אפשרויות :
    • ליזין באמצע - לפניה יש חומצה אמינית שנחתכת ע"י טריפסין ואחריה אין שום חומצה אמינית.
  3. ליזין בסוף - לפניה יש חומצה אמינית הנחתכת ע"י טריפסין, אולם, אחריה אין שום חומצה אמינית ולכן נשארה בודדה.
    • ליזין לא יכולה להיות ראשונה כיוון שהחומצה האמינית Thr היא החומצה האמינית הראשונה על פי סעיף b.
  4. ממבחנה 3 : X-X-X-X-X-Arg.

כימוטרפסין - חותך קרבו' (אחרי) של Phe, Tyr, Trp[עריכה]

המבחנות שהתקבלו

נתונים שהתקבלו :

  1. מבחנה א' :
    • המבחנה עם רצף חומצות האמיניות הראשונות (כיוון ש-Thr נמצא בה).
    • Phe - היא החומצה האמינית האחרונה (X-X-X-Phe) כיוון שאחריה יש חיתוך ע"י כימוטרפסין.
    • 2 חומצות אמינו הזהות (val) נמצאות בין Thr (החומצה האמינית הראשונה) ל-Phe (החומצה האמינית האחרונה. לכן, רצף חומצות האמיניות הראשונות הוא : Thr-Val-Val-Phe.
  2. מבחנה ב' : הסדר הוא כזה : X-X-X-X-X-Trp.
  3. מבחנה ג' :
    • המבחנה האחרונה, כיוון שלפניה יש חיתוך. אחרי איזו מבחנה? אנו יודעים שמבחנה א' היא הרצף הראשונים, לכן, לא הגיוני שמבחנה ג' תבוא אחרי א' (אחרת, החומצות האמינו היו גם בכלי ב'; לא היה חיתוך).

טרפסין + כמוטרפסין[עריכה]

  1. הרצף הראשוני הוא : Thr-Val-Val-Phe.
  2. על פי מבחנה מספר 1 הרצף הוא : Thr-Val-Val-Phe-Lys.
  3. על פי מבחנה מספר 2 (ליזין אחרונה או אמצעית) ו-ב' (ליזין באמצע) הרצף הוא : Thr-Val-Val-Phe-Lys-Lys.
  4. על פי מבחנה מספר מספר 3 (Arg אחרונה) ו-ג' הרצף הוא : Thr-Val-Val-Phe-Lys-Lys-X-X-X-X-Gly-Arg.

ציאנוגן ברומיד - קברו' (אחרי) של Met[עריכה]

המבחנות שהתקבלו

הנתונים שהתקבלו :

  1. X-X-X-X-X-X-Met.
  2. X-X-X-X-X.

טרפסין+כמוטרפסין+ציאונוגן ברומיד[עריכה]

עד כה ידוע שהרצף :
Phe-Lys-Lys-X-X-X-X-Gly-Arg
  • על פי מבחנה A בה יש את חומצות האמינו : Lys ,Lys ,Phe ,Thr ,Val ,Met. אנו יכולים לקבוע כי Met היא החומצה האחרונה בשרשרת. לכן השרשרת היא : Phe-Lys-Lys-Met-X-X-X-Gly-Arg.
  • על פי מבחנה ב' (Trp היא אחרונה בשרשרת) נוכל לומר כי הרצף הוא : Phe-Lys-Lys-Met-X-X-Trp-Gly-Arg.
רצף החומצה האמינית הוא : 
Phe-Lys-Lys-Met-Ala-Ala-Trp-Gly-Arg

שאלה ב' חומצות אמיניות[עריכה]

החומצה האמינית Gly Arg Lys Phe Met Trp Thr Ala Val
הכמות בפפטיד 1 1 2 1 1 1 1 2 2
סוג הידרופילית (הידרופובית זניחה) חיובית חיובית הידרופוביות הידרופילית הידרופוביות הידרופילית הידרופוביות הידרופובית

החומצות החיוביות - יוצרות אינטראקציות עם המים ולכן החלבון בציטופלזמה. כמו גם, החומצות האמיניות ההידרופוליות Thr ו-Gly.

שאלה ג' - חומצות ארומטיות[עריכה]

חומצות ארומטיות הן חומצות בעלות טבעת חנקנית. החומצות האלו נקראות בבליעה של 280mn. חומצות האמינו בעלות תכונה זו הן : Tyr, Trp, Phe. שתים מבין החומצות האמיניות הנ"ל קיימות בחלבון שלנו (Trp, Phe)ולכן, החלבון נקרא באורך גל 280mn.

שאלה ד'[עריכה]

תחילה, ניתן הסבר כללי.

שני החלבונים הרוצו לאחר טיפול ב-SDS (החלבונים הופכים להיות בעלי מטען שלילי). ולמרות זאת, שני החלבונים רצו מרחקים שונים. שתי סיבות הגיוניות מסיבות שונות (תלוי במקרה):

  1. גודל החלבון - אם החלבון היה מורכב משני (או יותר) חלקים הקשורים בניהם באמצעות קשרי S-S, והיינו מפרקים אותם.
  2. מטען החלבון - חלבון אחד בעל מטען שלילי (יש לו יותר חומצות אמיניות שליליות) מחלבון שני.

כיוון שאין בחלבון ציסטאין, סיבה אחת - לא אופציה לדיון. מכאן, שהחלבון המקורי היה בעל מטען פחות שלילי מהחלבון המוטנט.

סעיף 1[עריכה]

החלבון המקורי בעל מטען פחות שלילי מהחלבון המוטנט ולכן הוא רצף פחות מאשר חלבון המוטנט.

סעיף 2[עריכה]

אם המוטנט הוא מוטנט נקודתית הוא ככל הנראה התרחש בחומצה אמינית חיובית שהפכה להיות חומצה אמינית שלילית. כך, המטען של החלבון המוטנט הפך להיות בעל מטען שלילי יותר.