המיטוכונדריה קיימת רק בתאים אאוקריוטי, כלומר אינה קיימת ביצורים כמו חיידק. בחיידקים המשך התהליך הנשימה האירובית מתרחש בציטופלזמה והזרחון החמצוני (השלב האחרון) מתרחש על ממברנת הפלסמה מהצד הפנימי.
זהו תהליך נשימה חמצון מלא של הגלוקוז (ההופכת למים ולפחמן דו חמצני) המתרחש במעגל קרבס.
במהלך מעגל קרבס הפירובט מאבד CO2 והופכת להיות אצטיל. האצטיל נקשרת למולקולת ענק הנקראת COA. ה-COA מובילה את האצטיל למיטוכונדריה, שם תשחרר את האצטיל התכנס למעגל קרבס.
