ביוכימיה/קשרים כימיים בחלבון
מתוך ויקיספר, אוסף ספרי הלימוד והמדריכים החופשי.
הקשרים הכימיים יכולים להתרחש בשרשרת, בשייר שלה או בין שרשראות.
תוכן עניינים |
[עריכה] קשרים קוולנטים
[עריכה] הקשר הפפטידי
קשר חשוב. נוצר בין חומצות אמינו.
[עריכה] מושגים
קשר פפטידי – שלד שרשת החלבון. קשר קוולנטי הנוצר בין חומצות אמינו. קיימים שמות למספר ח.א המקיימות את הקשר :
- דופפטיד – רצף של שתי חומצות אמינו.
- טריפפטיד – רצף של 3 חומצות אמינו.
- טטרפפטיד – רצף של 4 חומצות אמינו.
- פנטפפטיד – רצף של 5 חומצות אמינו.
- אולוגופפטיד – עד 10 חומצות אמינו.
- פופפטיד – 11 חומצות אמינו ויותר.
[עריכה] כיצד נוצר הקשר הפפטידי?
היווצרות קשר בין קבוצה קרבוקסילית של חומצה אמינית אחת אל הקבוצה האמינית של חומצה אמינית אחרת. במהלך היקשרות משתחררת מולקולת מים.
[עריכה] קצוות הפפטיד
בעקבות היווצרות קשרים פפטידים בין חומצות אמינו שונות, נוצר שרשרת של פפטיד. לשרשרת שני קצוות הנקראים :
- קצה N טרמינל – תחילת שרשרת הפפטיד (קבוצה אמינית).
- קצה C טרמינל – סוף השרשרת (קבוצה קרבוקסילית)
[עריכה] טרנס וציס
ציס וטרנס נוצר עקב חוסר יכולת של האטומים להסתובב סביב ציר הקשר. בדרך כלל מתרחש :
- בקשר כפול.
- במבנה טבעתי.
הקשר הפפטידי יכול להיווצר בשתי צורות :
- ציס – כאשר המתמירים (אטום/ים המחליף/ים אטום מימן) באותו כיוון.
- טרנס – כאשר המתמירים בכיוון נגדי.
[עריכה] הקשר המועדף
הקשר הפפטידי המועדף עבור חומצות אמינו הוא טרנס. פרט, לחומצה האמינית פרולין שאינה יכולה ליצור קשר טרנס. נכוחות ברצף מוביל לכיפוף של השרשרת.
[עריכה] מטען החומצה האמינית
[עריכה] קשר גופרית/דיסולפידים (S-S)
קשר שלישוני שקיים רק בחלבון בעל חומצה האמינית צסטיאין (בעלת קבוצה סולפהידרילית = SH). קבוצה זו, נוטה להתחמצן ב-PH פזיולוגי (ph=7.2 – PH שקיים בתא) וכך נוצר קשר בין שני אטומי גופרית של שתי חומצות ציסטאיניות שונות.
נהרס ע"י : B מרקפתואל או חיזור (בד"כ באמצעות יוני מימן).
[עריכה] קשרים סטטים / אינטראקציות יוניות
קשר המתקיים בעקבות משיכה או דחייה של מטענים הנמצאים על חומצות האמינו. חומצות בעלות מטען :
- חומצות בעלות מטען חיובי (לאה) – ליזין, ארגנין, היסטדין.
- חומצות בעלות מטען שלילי – חומצה אספרטית וחומצה גלוטמית.
[עריכה] קשרי מימן
קשרי מימן הם קשרים בין מימן (H) לאחד מהאטומים הבאים : N-O-F. בדרך כלל, בחלבונים הקשר הוא בין מימן לחמצן.
קשרי מימן חלשים כאשר הם נמצאים בתוך המולקולה-השרשרת, אולם הם חזקים כאשר הם בין שרשראות. ככל שיש יותר קשרי מימן יהיה המבנה חזק ויציב יותר.
נהרס ע"י : הוספת אוראה.
[עריכה] קשר ו.ד.ו
קשרים הקיימים בתוך החלבון; בשלד. הם נחשבים לקשרים חלשים, אולם הם תורמים רבות ליציבות החלבון.
[עריכה] אינטראקציות הידרופוביות
קשרי ו.ד.ו החשובים ביותר, שהם קשרים הידרופוביים או פולאריים (הידרופיליים) המתקיימים בחלבון. החלבונים ההידרופוביים מתקפלים בקפלים בתא (בגלל הסביבה הפולארית - מים).
נהרס ע"י : ממסים אורגנים וחומצות פוביות.
