ביוכימיה/מבנה ואחסון של אינפורמציה גנטית - מבנה ה- DNA
מתוך ויקיספר, אוסף ספרי הלימוד והמדריכים החופשי.
דנ"א היא מולקולה פולימרית הבנויה מתת יחידות מונומרים (=החוזרים על עצמם) שכל תת יחידה נקראת נוקליאוטיד או בסיס, או נוקלאוזיד '5 פוספט.
תוכן עניינים |
[עריכה] מבנה הנוקלאוטיד ( נוקליאוזיד פוספאט)
תמונה - חסר
הנוקליאוטיד מורכב משלושה מרכיבים :
- קבוצת פוספט אי אורגני – קשור ל-'5 של הריבוז.
- סוכר 5 פחמני מסוג דיאוקסי (בפחמן '2 חסר קבוצה קרבוקסילית) ריבוז.
- בסיס חנקני – אחד מתוך 4 אפשרויות ; קשור בעמדת הפחמן '1 לריבוז. ההבדל בין הנוקליאוטידים (4 סוגים) נעשה על פי סוג הבסיס החנקני. סוג הנוקליאוטיד נרשם ע"פ האות הראשונה של הבסיס החנקני שלו.
[עריכה] סוגים עיקריים של נוקליאוטידים
- A - אדנין (Adenine). מסומן כ : dATP.
- C - ציטוזין (Cytosine). מסומן כ : dCTP.
- G - גואנין (Guanine). מסומן כ : dGTP.
- T - תימין (Tymine). צסוצן כ : dTTP.
כולם יחד (הנוקלאוטידים A,C,T ו-G) מסומנים : dNTP.
[עריכה] הבסיסים
קיימים 4 בסיסים : A, T,G ו-C. הם שייכים לשתי קבוצות של בסיסים :
- פירימדינים – קבוצת הבסיסים בעלי מבנה של טבעת חנקנית. לכאן שייכים הבסיסים T ו-C.
- פורינים – קבוצת בסיסים בעלי מבנה של טבעת כפולה. לכאן שייכים הבסיסים G ו-A.
[עריכה] תגובת הקישור בין הנוקליאוטידים (קשר פוספודיאסטרי)
קשר פוספו דיאסטרי – קשר קוולנטי שנוצר בין OH בפחמן '3 בריבוז לבין פוספט אי אורגני של הנוקלאוטיד הבא.
[עריכה] 5.2.4 כיווניות השרשרת (קצה 3' וקצה 5')
כל גדיל יכול להיות בעל שני כיוונים ('5 או '3) המסמנים מהיכן מתחילה השרשרת :
- '5 – מסמל את תחילת הגדיל.
- '3 – מסמל את סוף הגדיל.
ישנם שני סוגי גדילים :
- גדיל מוביל – כיוונו מ : '5 --> '3.
- גדיל משלים – כיוונו מ: '3 --> '5.
[עריכה] דגם הסליל הכפול של ה- DNA : הדגם של ווטסון וקריק
ווטסון וקריק היו 2 חוקרים שגלו את המבנה התלת מימדי של הדנ"א.ע"פ הדגם :
[עריכה] כיווניות הגדילים הבונים את הסליל וממדי המרחקים בסליל
- במבנה המרחבי הבסיסים פונים זה כלפי זה (על אותו מישור – קו אופקי). כאשר הם מאונכים לציר המרכזי של המולקולה הם מקבילים זה לזה.
- קבוצת הסוכר והפוספט פונות החוצה לתמיסה בגלל אופיין ההידרופילי ויוצרות קשרים עם התמיסה המימית (ציטופלזמה – חיידקים; נוזל גרעין – תאים אאוקריוטים).
- כיוון סיבוב המולקולה הוא ימין.
- תוך כדי הסתלסלות נוצרים 2 חריצים : חריץ גדול (Manjor Grove) וחריץ קטן (Minor Grove).
[עריכה] הקשרים המייצבים את מבנה הסליל והמספר השונה של קשרי המימן בין הבסיסים השונים
הקשר שנוצר בין זוג גדילים הוא קשר מימן בין הבסיסים המקבילים (A מול T, G מול C) כאשר :
- 2 קשרי מימן יווצרו בין בסיס A לבסיס T.
- 3 קשרי מימן יווצרו בין בסיס G לבסיס C.
[עריכה] 5.2.6 דנטורציה ורנטורציה של ה- DNA
[עריכה] הקשר בין הרכב הבסיסים בסליל לבין תהליך הדנטורציה שלו
ככל שיהיו יותר קשרי מימן כך טמפרטורה ההתכה (Tm) לביצוע דנטורציה של הדנ"א תגדל. כלומר : ככל שיהיו יותר בסיסי G ו=C, כך, טמפרטורת ההתכה תהיה גבוהה יותר.
[עריכה] השפעת pH , טמפרטורה וחומרים שונים על דנטורציה ורנטורציה של DNA
פרק זה לוקה בחסר. אתם מוזמנים לתרום לוויקיספר ולהשלים אותו. ראו פירוט בדף השיחה.
